Niche model 中文指南-Rcoding
介绍
1. 构建工作环境
1.1 加载及配置R工作环境
2.下载物种分布数据
2.1 物种分布数据网站
2.2 使用R下载物种分布
3. 物种分布数据清理
3.1 R-清理分布数据
3.2 构建物种丰富度栅格
3.3 核平滑构建物种分布图
3.4 改变分布数据的投影方法
3.5 spthin降低采样偏差
4. 下载环境数据
4.1 环境数据网站
4.2 R下载及处理环境数据
5. 模型数据预处理
5.1 环境数据预处理
5.1.1 读取及导出shp_raster
5.1.2 栅格数据的基本处理
5.1.3 补充和报错处理
5.2 模型分布数据预处理
5.2.1 构建训练集和测试集
5.2.2 构建背景数据集
5.2.3 筛选环境因子.md
6. SDM运行
6.1 SDM运行
6.2 SDM结果展示
6.3 SDM模型评估
6.4 SDM模型外推
6.5 SDM整合建模
6.6 SDM案例
bioclim
biomod2工作流
ENMEVAAL
enmSDM工作流
hypervolume
maxent工作流
SDMtune工作流
7. SDM相关数据可视化
7.1 R包地图底图
7.2 地图数据三维可视化
7.3 栅格数据可视化
7.4 多维环境变量可视化
7.5 SDM结果可视化
7.6 可视化物种分布
7.7 相关性分析
8. SDM-workflow
8.1 workflow的基本流程
8.2 workflow的基础知识
8.3 workflow的全流程R包
8.4 workflow的专项R包及脚本
8.5 workflow(GUI)
8.6 案例
9. 生态位进化
9.1 生态位宽度的进化
9.1 生态位宽度的进化
9.1.1 单因素分析
参数和及非参统计
方差分析结果可视化
9.1.2 多因素分析
CCA
PCA_MANOVA
聚类分析
生态位轴PCA得分
9.1.3 超维度分析
9.2 生态位进化式样
9.2.1 生态位进化式样
9.2.2 ecospat
9.2.2.1 优化可视化_raw
9.2.2.2 优化可视化
9.2.2.3 生态位保守性测试
9.2.2.4 生态位的重叠与计算
9.2.2.5 生态位重叠可视化
9.2.2.6 非矫正生态位重叠
9.2.3 ENMtools
9.3 扩散动态研究
10. 群落与SDM
10.1 背景资料
10.2 多物种联合建模
10.3 经典研究案例
10.4 可视化
11.遥感与SDM
11.1 研究思路
11.2 研究R包
11.3 经典研究案例
12.系统发育与SDM
12.1 研究思路
12.2 研究R包
12.3 经典研究案例
13.空间生态位
13.1 R-空间统计书籍
13.2 空间自相关概念释义
13.3 地统计
13.4 案例
13.5 R-解决空间自相关
13.6 补充
14.生态位理论资料
14.1 生态相关的名词释义
14.2 SDM建模书籍
14.3 相关与因果
14.4 分布数据清理的依据
14.5 建模格局的二元性
14.6 niche常见错误
14.7 气候生态位的思路
14.8 环境与物种分布的交互选择
15.niche领航员工作
乔慧捷
朱耿平
邬建国
Andrew Townsend Peterson
Annette Ostling
Antoine Guisan
Damaris Zurell
Dan L. Warren
Erin E. Saupe
Holt R D
Hannah Lois Owens
Jane Elith
Jorge Soberón
Olivier Broennimann
John J. Wiens
Robert P. Anderson
Michael R Kearne
本书使用 GitBook 发布
5.1 环境数据预处理
5.1 环境数据预处理
5.1.1 读取及导出shp_raster
5.1.2 栅格数据的基本处理
5.1.3 补充和报错处理
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